機組員檢疫「3+11」遭指為本土疫情破口，中央流行疫情指揮中心研擬祭出調整措施。對此，台北市長柯文哲不改大砲性格，13日再度叫戰指揮中心，「這次（決策）有沒有會議紀錄？」他強調，科學問題要用科學解決，質疑讓接種2次疫苗的機組員「7+7」反而有問題。

指揮中心研擬自6月12日起，機組員未接種疫苗及接種1劑未達兩周者，返台後採「5+9」措施，5天居家檢疫加上9天加強版自主健康管理；接種1劑且滿兩周，維持「3+11」；完成接種2劑者，採7天自主健康管理。

7月1日起方案再升級，機組員未接種疫苗及接種1劑未達兩周者，採7+7；接種1劑且滿兩周，採5+9；完成接種2劑者維持7天自主健康管理。指揮中心指揮官陳時中今表示，相關調整主要鼓勵機組員打疫苗，一旦他們防護力增高，管制就能放鬆。

柯文哲對此頗不以為然，直言當初沒疫苗時，機組員入境檢疫從14天改一路調整到3+11，「這在醫學上絕對是錯的！」但若所有機組人員打完2次完整疫苗，且第2劑施打超過14天，這時7+7反而有問題。

「阿這有會議紀錄嗎？」柯文哲指出，科學問題要用科學解決，是有哪些醫療專家提出7+7，發言內容為何，一切應依科學標準進行；除了管理措施要完整說明清楚，更要回歸科學、專業來處理。