中央流行疫情指揮中心發言人莊人祥20日證實，有20名台北農產運銷公司員工及18名批發市場、零批場攤商確診。不過，非北農員工，屬派遣公司、負責協助北農包裝蔬果的派遣工也再傳出有7人確診；北農群聚案目前恐已累計45人確診。北市府於19日啟動「北農2.0專案」，將由原剝皮寮快篩團隊進駐北農，成立前進指揮所。北市府表示，衛福部醫福會執行長王必勝已於20日前往北農，並於21日早上8點設立前進指揮所、並展開環境感控及動線調整，盡速完成篩檢任務，其能有效控制避免擴散。

21日上午8點30分，北市府派遣防疫專車到第二果菜市場，載著100多名員工前往聯合醫院和平院區篩檢、打疫苗；目前包含拍賣員、理貨員約200人已快篩完畢，也將優先接種疫苗使產生抗體，同時將盡速設置快篩站，提供承銷人就近篩檢，以穩定台北與中南部地區蔬果批發正常運作，之後也會陸續安排剩餘員工快篩，陰性者施打疫苗。

北市府指出，原有19位確診者，其中9位非設籍台北市，已於上周與新北及基隆跨縣市合作，掌握確診者完整疫調結果與足跡，並透過精準疫調計畫進一步找到1位確診者，提前匡列阻斷擴大感染，故總計20位確診者，目前其他接觸者的PCR檢查均為陰性。至於批發市場、零批場攤位承銷商另有18位確診，亦將同步展開精準疫調及管控。

國內新冠肺炎疫情延燒，台北農產運銷公司傳出群聚事件，有確診員工來自民族東路第二果菜市場營業部門果菜包裝中心及萬大路第一果菜批發市場。莊人祥對此表示，北農自5月15日傳出疫情後，已在當天展開內外場清潔消毒，第二果菜市場也有落實分流，甚至全面停工，北農公司營業部與市場部334名員工已在16日前全數篩檢完成。不過，他仍建議市場降載到6月底。

莊人祥表示，針對現階段北農第一及第二果菜市場的確診人數沒有突然暴增，個案發病時間較分散，可能是個別獨立事件，確診者一開始是在家戶感染，才小規模造成北農出現疫情，研判非大規模感染。