我國購買的疫苗到貨量目前仍相當不穩定，為加快疫苗覆蓋率，疫苗「混打」近來也備受關注，而指揮中心也拍板宣布，打完AZ疫苗8周後可混打莫德納或BNT；對此，醫師沈政男指出，自己早就寫過很多文章呼籲開放混打，並強調「腺病毒載體式疫苗加上mRNA疫苗」是當今保護力最強大的疫苗組合。

為解決新冠肺炎疫苗供貨延遲，以及接種速度過慢等問題，全球疫苗混打的實驗陸續進行，初步證實保護效果可期，且不少國家已開始執行，多以第1劑接種腺病毒載體疫苗，例如AZ疫苗搭配第2劑mRNA疫苗（輝瑞／BNT和莫德納），對此，指揮中心25日也宣布，專家會議整體討論後，認同可以混打疫苗，初步考慮，第2劑間隔8周以上可以打mRNA。

然而疫苗混打相關議題先前便有不少專家提出，其中包含醫師沈政男，混打開放消息一出，他也透過臉書表示，自己寫了多少文章呼籲開放混打，並指出「腺病毒載體式疫苗加上mRNA疫苗」是當今保護力最強大的疫苗組合，不只比2劑AZ強（中和抗體與細胞反應都高很多），也好過2劑mRNA（中和抗體相近但細胞反應達3倍）。

沈政男解釋，因為AZ可誘發強大細胞免疫，而莫德納或BNT可誘發強大抗體免疫，兩者混和以後雙效合一，保護力最好；當病毒入侵後，先由中和抗體將它吃掉，但跑進去細胞的病毒，就必須倚賴免疫T細胞來消滅。

沈政男強調，防疫是科學，直言「如果你知道打1劑AZ與打2劑AZ對預防重症只差10%，就不會急著打第2劑AZ；打2劑AZ的保護力更是不如混打，對群體免疫的幫助相對較小」。

不過也有專家提醒，疫苗混打並不是人人都適合，長庚大學新興病毒感染研究中心主任施信如指出，檢視現有資料，混打疫苗可能發燒、疲倦、注射部位不適等狀況會更加劇，但多在可接受範圍內，且可提高抗體對抗變種病毒，整體是利多於弊，照理來說，應該不會有長期的影響，詳細狀況則待觀察。

不過，施信如也表示，因為混打副作用可能更不舒服，故並非人人適合，像是長者可能本來體況就較虛弱，是否適合則建議要審慎評估。