國內疫苗庫存吃緊，指揮中心指揮官陳時中9日坦言「現在很告急」，要打疫苗的人比供應的疫苗多很多，不過陳時中也表示，要先滿足第一劑的覆蓋率。不過中華民國防疫學會理事長王任賢認為，如果在施打莫德納第一劑的4周內沒有施打第二劑，保護力就不足，他還提醒施打第一劑莫德納的民眾，「別在疫苗空窗期施打高端疫苗，因為打了也沒用」。

陳時中9日在記者會中坦言，疫苗現在很告急，要打疫苗的人比供應的疫苗多很多，目前已積極和相關廠商聯繫，希望貨越早到越好；目前疫苗施打策略是希望人口涵蓋率越高越好，若在第一劑和第二劑之間選擇，會讓第一劑打更多為主，雖然第二劑會增加保護力，不過以全人口來看，衝高第一劑涵蓋率對於社會的保護力較強。

對於莫德納疫苗第二劑施打間隔，7月23日指揮中心宣布，除了第一類至第三類以及孕婦等四類人維持2劑間隔28天，其餘類別要間隔10至12周，但莫德納仿單上指出2劑要間隔4周，已經施打莫德納疫苗第一劑的民眾，隔了2、3個月卻等不到第二劑，是否會影響保護力？

陳時中則說有可能，但已打過第一劑的保護力仍比沒有打過的人多，陳時中強調疫苗若供應充足，當然希望能盡量滿足所有人，全球都在搶疫苗，指揮中心會根據進貨狀況做最適合的安排，已朝讓第一劑施打人數變多、疫苗涵蓋率變高的方向作安排。

不過有專家持不同看法，中華民國防疫學會理事長王任賢接受媒體採訪時表示，莫德納疫苗在人體產生抗體速度很快，但要維持保護力，就要在施打第一劑之後的4周內施打第二劑，若沒有這樣座，則有被感染的風險，他也表示，施打第一劑莫德納疫苗的人「不要掉進政府的圈套」，在空窗期去打高端疫苗，因為打了也沒效。