蔡英文總統2019年出訪專機遭爆出夾帶近萬條菸品逃稅818萬多元的「私菸案」，被指是揪團買菸的國安局前少校侍衛官吳宗憲，今年6月被依《貪污治罪條例》判10年4月徒刑。但他請求台北關發還扣押的9797條菸被拒絕，他又向關務署聲明異議也遭駁，吳宗憲於是提行政訴訟，吳還稱，台北關害菸品過期應賠708萬4000元，台北高等行政法院認定台北關在刑事判決確定前扣留菸品合法，判吳宗憲敗訴。

法院的判決指出，總統出訪專機2019年7月22日返國，被查獲未稅菸品9797條，涉未向海關申報而運輸私菸，違反《菸酒管理法》，台北關將菸品扣留，並移請偵辦，而吳宗憲在2020年3月向台北關申請發還菸品，關務系統答覆，全案尚在司法審理程序，扣案菸品請向地檢署請求得否發還，退回吳宗憲的申請，吳宗憲再提異議，財政部關務署認定異議無理由而駁回，吳宗憲不服再提訴願及行政訴訟。

吳宗憲主張，關務署異議處理不當應撤銷，台北關扣押菸品行為違法，並請求關務署應函示台北關給付害菸品過期的賠償708萬4000元。

北高行認定，吳宗憲的菸品因涉及違反《菸酒管理法》、《海關緝私條例》，台北關可以行政扣留，而依據「刑先懲後」、「一事不二罰」法理，行政機關必須等刑事判決確定後，再依刑事確定判決內容決定行政裁處，吳宗憲只能針對實體裁處做出後聲明不服，台北關扣留菸品只是保全證據的程序性處分，對吳宗憲退回申請、駁回異議均無違誤，吳宗憲無理由提出不服，請求台北關給付害菸品過期的賠償708萬4000元也無理由，判決駁回。可上訴。