清華海峽研究院於國立清華大學設置新竹辦公室惹議，遭質疑中國組織滲透攬才，教育部長潘文忠9日對此表示要嚴查並祭出重罰；他10日再度強調，教育部鼓勵正確、正常的學術交流，「但學術自由不能牴觸法律」，也請各大專校院盤點、內控，避免租借校舍卻完全不做管理，若又有觸法作為，必須自我解釋與盤點。

潘文忠10日出席立法院教育及文化委員會進行教育部預算審查，會前針對此事受訪時說明，經查該辦公空間由自強工業基金會向國立清華大學租賃清大育成大樓5樓空間後，轉租廈門清華海峽研究院，並由該基金會進行空間代管，相關事證初步判定違反《台灣地區與大陸地區人民關係條例》（以下簡稱《兩岸條例》）第33條之1、第40條之2，後續移請該基金會主管機關經濟部辦理裁罰程序。

教育部9日認定該基金會初判違法，潘文忠說，會再就目前事實進行認證，有了具體事實行為後，會以違法事實主體進行裁罰。

潘文忠強調，教育部從來不反對，而且是鼓勵正確、正常的學術交流，但學術交流不能牴觸法律，教育部也多次明確提醒各大學，應依照《兩岸條例》進行學術交流；他舉例，清華海峽研究院在國立清華大學設有新竹辦公室，學校跟辦理主體並未依《兩岸條例》申請，事實卻是與中國相關黨政軍組織來合作。

潘文忠指出，學術自由不能牴觸法律，教育部已在9日正式函知各大學校園，要在遵守法律前提下進行與對岸機構的交流。他說，教育部請各大學自我監控內容，避免租借校舍但完全不做管理，這些都是公有財產，若又有抵觸法律作為，必須自我解釋與盤點。

至於清大是否有相關人員支持、參與活動，潘文忠也說明，會再進一步深入了解實際的參與內容，9日僅是緊急跨部會瞭解，詳細情形會再與清大進一步釐清。

民進黨立委范雲今天也在立法院舉行「莫讓兩岸清華一家親，成為台美戰略互信破口」記者會，公開照片等證據痛批清大校方不斷說謊，為台灣高等教育做出最壞示範。

台灣公民陣線組織部主任許冠澤指出，2016年「清華海峽研究學院」在清大揭碑，當時的副校長吳誠文代表清大出席；2017年5月清大認知與心智科學中心更正式進駐「清華海峽研究院新竹辦公室」的兩岸產業促進中心，顯示清大校方絕對知道該辦公室的成立和運作。

范雲並點名前清大副校長吳誠文應辭去「清大半導體研究學院」監督會委員、前清大校長陳力俊則應立刻辭去「台灣聯合大學系統」總校長。