2019年國安局特勤人員利用總統專機出訪夾帶私菸，時任國安局少校吳宗憲對財政部關務署提行政訴訟，賠償他遭扣押菸品計9797條，逾保存期限損害賠償708萬4000元，最高行政法院維持原審認定，認為海關扣菸合法，判吳宗憲敗訴確定。

總統蔡英文於2019年7月出訪太平洋友邦，因總統專機享國賓禮遇通關免驗行李，當年6月專機出訪前，總統侍衛官吳宗憲藉從華航空品處取得免稅菸品價目表，將價目表提供出訪團各單位人員登記訂購。

全團人員共計訂購9200條菸品，並裝成184箱放在倉庫，直到2019年7月22日專機返國時交貨。包含訪團成員在機上所購的597條菸，將共9797條私菸裝上三輛公用貨車準備運走，卻因私菸案爆發，菸品在管制門遭台北關查扣，被依《菸酒管理法》、「海關緝私條例」扣留至今。

吳宗憲因夾帶私菸逃稅約新台幣818萬元，去年6月被依「貪污治罪條」的以公用運輸工具裝運漏稅物品罪重判10年4月徒刑。

不過，私菸案仍在審理，吳宗憲卻在2020年3月向台北關提出發還菸品的申請，關務系統回覆表示，貪污案件仍在審理中，須發還菸品應向司法機關請求，並退回吳宗憲申請，連同提訴願也遭駁回，吳宗憲轉而提起行政訴訟，但遭台北高等行政法院，在去年10月時判決吳宗憲敗訴。

吳宗憲不服判決結果，上訴至最高行政法院，法官認定貪污刑案審理在判決確定後，有將犯罪物菸品沒收的可能性，為確保日後沒收執行以及保全證據，行政機關可以暫時扣留菸品，待刑事判決確定後，再依刑事確定判決內容決定行政裁處，認定台北關扣留菸品處分、駁回吳宗憲申請均無違誤，判決吳宗憲敗訴確定。