房地合一稅自2016年上路以來，扣除10％中央統籌分配款後，剩餘90%稅收全數挹注長照基金，連1塊錢都未分配給住宅基金，引發外界質疑。對此，財政部表示，將修正相關辦法，明定未來房地合一稅收「任一用途之獲配金額，不得低於餘額10%」，意即最少須將10%稅收運用於住宅基金上。

根據《所得稅法》規定，房地合一稅收扣除由中央統籌分配予地方之餘額，循預算程序用於「住宅政策」及「長期照顧服務支出」。

不過財政部的統計結果卻顯示，房地合一稅自2016年開徵以來，截至2022年11月底，除去10%稅收為中央統籌分配稅款外，剩餘90％皆挹注長照基金，金額達1012億元，用在住宅基金上的稅收卻為「0」，引發外界質疑房地合一稅收使用分配不均。

對此，據《自由時報》報導，財政部在農曆過年前預告將修正相關辦法，增訂「最低獲配比率」，即代表房地合一稅收「任一用途之獲配金額，不得低於餘額10%」，將自2024年1月1日起施行，預告期間至3月20日止。財政部表示，此次修法是因應未來政策方向及預算籌編彈性，並兼顧住宅及長照兩項業務推動的財源需要。