柯文哲仔第三階段提問到，他請問賴清德先生，作為臺大的校友，你對當年卡管案還有林智堅的論文抄襲案，你對民進黨這樣幹，你的評語是什麼？你也同意這樣做嗎？在那段時間，我沒有聽過你有講任何一句話，作為醫師，高端疫苗，你真的同意嗎？別人我不會怪他，我會問你，因為你是醫生。 
 
為了高端疫苗，擋BNT你同意嗎？高端疫苗要封存30年的採購合約，你同意嗎？當時提供給立委審閱的重要項目全部塗黑，這就是民進黨的公開透明嗎？  
 
我也問侯市長，這個問題我在內心很久了，其實黃國昌公佈他們家的賴皮寮空照圖，其實新北市政府早就有了，你為什麼不拿出來，你是要養案，還是你們就是互相cover，我一直想不通啊。 

侯友宜回答 
 

其實類似像卡管案，最重要的是，政府干涉了學校的學術自由，這是非常不應該的。 搞得現在大家對這件事情都耿耿於懷，說到這個不是學術自由你妨害以外，你也成立促轉會欸！你們記得我第一次出來選舉的時候，促轉會變成東廠欸，每天抹黑我還要訂什麼除垢法，針對我來；還說一句話「現在不操作，等著何時？」。 
 

說到這個，你NCC。 聽你的就上臺，不聽你的就下臺，完全掌控了所有的新聞自由，這就是你們的態度，今天不止如此。 把我們的黨產都用轉型正義把它砍下去。 我不反對該如何就如何，但是未來我承諾我當選我黨產歸零，徹底解決黨產的問題。 這樣才對呀，你如果說我有問題，你懷疑我沒有辦法解釋，沒有辦法解釋清楚，還是我們沒有辦法站住腳步？ 還是我有什麼東西？ 
 

我們該面對的就要去面對，你卡管不對，你就要跟人家說清楚，在那邊閃去，這就是我最沒有辦法，最看不起的，尤其你再說63件高端。 放著，也不是說辦完了，你去問人民。 高端辦完了嗎？ 是你們包庇的還是怎麼樣，我不好意思說，但是人民都有問題啊，你封存了30年，現在就好做了，你要等到什麼時候，如果你沒選到的話，那我們來把它打開比較快，不用再等到你當副總統，你現在當副總統，你就幫人家解密，你有影響力啦，不然換我當總統，我隨即給你處理，我可以處理就處理。

賴清德

對於高端疫苗合約，賴清德回應：「我贊成應該要公開」。

賴清德表示，高端的價格已經公布，立法院已經調閱過，監察院也已經審議過；這時候把合約公開，他認為人民有知道的權力，也可以避免不斷惡意的攻擊。

對於柯文哲提問卡管案、林智堅論文抄襲案，賴清德身為台大校友的評論。賴清德表示，身為台大的校友，他當然關心台大的學術自由和發展，但柯文哲只注意到管中閔的案件，沒注意到一開始有聲音的是台大的校友，而且管中閔可以擔任校長，也是他擔任行政院長任內核定。

對論文抄襲案，賴清德回答，他對於論文抄襲案的態度一向嚴謹，他當黨主席已作出嚴正的裁示。