台北市長柯文哲日前搭公車上班被獨派人士抗議，北市府表示市長將改搭公務車上班。對此，陳佩琪2日在臉書發文替柯文哲抱屈，強調柯文哲只是地方首長，並非總統，要抗議「統獨正名」問題，應該去總統府抗議，或去立法院請立委修改《公投法》；對於日前民進黨籍里長詹晉鑒投書媒體，呼籲獨派人士去巧遇陳佩琪，陳佩琪隨後也在臉書表示「別不理性到我家圍堵我。」

陳佩琪2日先在臉書發文替柯文哲抱不平。她說柯文哲為了宣導大眾運輸，因此以身作則不搭公務車，每天都搭公車上班，藉此改善空氣汙染問題。但是，卻因為一連串公車上頭的抗議事件，讓柯文哲又開始搭公務車上班了。讓她相當心疼先生搭公車宣導使用大眾運輸交通工具的理念，沒法進行下去了。

陳佩琪在臉書上表示，在柯成為台北市長後，不時會遇到熱情民眾加油打氣，也不乏有人抗議。在2017年世大運時，每天都有人在家門前抗議，但不會做出讓人害怕的動作。且醫生因工作性質關係，通常較無統獨意識，柯P也曾說醫生治病不會看病人是藍是綠，反之亦然，病人也只是想把病看好，不會問醫生的政治立場。

陳佩琪說，自柯文哲從政以來，她已能朗朗上口「總統負責兩岸、軍事、外交、國防」。對於一連串的獨派抗議事件，陳佩琪指出，柯文哲要選的是地方首長，不是選總統，真不知這些人要抗議統獨正名問題，為何不去總統府抗議，或去立法院請立委修改《公投法》，「跑來找地方首長抗議的意義何在？你們的動作實在令人害怕，丟鞋是有可能傷到頭部的。」

陳佩琪最後喊話，政治人物都說台灣的命運要2300萬人共同決定，想必大家都認同，有主張的人請用和平的手段宣導理念，想辦法讓大家認同，屆時就算公投法通過，她和先生也只有一票，「這些人用錯手段，找錯人了。」

日前北市民進黨籍里長詹晉鑒，投書媒體直言，柯現在認為「九二共識是兩岸和平基礎」，既然如此，獨派何需再去「熱臉貼冷屁股」。更呼籲要巧遇陳佩琪，讓市長夫人影響柯文哲的統獨意識。

陳佩琪2日隨後也在臉書上回應：「不大清楚這個人是要表達什麼，想要我人妻干政？還是？ 我是醫生，先生是市長，我過去一直強調我們雖是夫妻，但也是思想獨立的個體。」

陳佩琪進一步強調，每個人都享有表達意見的公民權， 也享有不被打擾的自由， 「早上臉書是對先生在公車上發生的事有感而發， 也在此呼籲別不理性到我家圍堵我， 我們醫院遲到十分鐘可是要寫理由， 否則要被罰錢的。」（蘇嘉全拜會美眾議院議長）