中選會在上月24日發布公告後，又在本月2日重新發布，加註行政院修正意見，中選會於20日已撤銷11月2日發布公投公告的行政院最新修正意見，21日也在四大報重新刊登10月24日公投公告，中選會副主委陳朝建表示，所需經費約新台幣931萬元，將動用行政院第二預備金來支應。

立法院財政委員會21日上午邀請主計總處和審計部官員，報告近3年來選務規劃的相關預算編列與執行情形，並邀請中選會出席說明，撤銷違法公投公告進度和執行情況，提相關出因應對策。

11月2日發布的公投公告，行政院在若干公投案中加註「公投結果並不影響大法官釋憲結果，照常生效」，國民黨立法院黨團批行政院引導民眾投票，這是作弊。陳朝建則強調，中選會都是依法刊登公報，而國民黨立委曾銘宗動怒罵「混蛋」，國民黨立委賴士葆也批，這是官員犯錯、百姓付錢。

曾銘宗表示，現在中選會要登報補正，但現在很多人沒有看報紙，是否會衍生公投是否有效力的問題，中選會是獨立機關，依法行政是最基本的要求，中選會卻違反「公投法」，要求中選會主委陳英鈐、副主委陳朝建要負政治責任下台並要求審計部要依照審計法規定，這900多萬元要讓中選會首長、副首長及相關人員負起財務責任，因為違法公告在先。

根據《公投法》規定，公投主文提出後需請主管機關在1個月內表示意見，並限期公告，中選會副主委陳朝建坦承，行政院的修正意見是在10月29日送到中選會，中選會在11月2日重行公告。曾銘宗直指，這是違法公告，中選會正副主委陳英鈐和陳朝建與其他經手的官員必須負起責任。

此外，審計長林慶隆表示，中選會經費報銷後，等到核銷時，會看中選會用什麼科目列出，審計部在審核時會按照審計法，若有違反預算法令的，會予以剔除。

而根據日前中選會向行政院的報告，九合一選舉案花費31.9億，10案公投則是15億經費，共計46.9億元，新增刊報費用之後，又讓經費再度上調。（樂見公投百花齊放）