日前內政部次長陳宗彥稱政黨票投給小黨是浪費選票，呼籲大家集中選票，遭批行政不中立，16日新黨已至台北地檢署告發陳宗彥違反《選罷法》；下午4點半，一邊一國行動黨候選人邱一峰也前往地檢署提告陳宗彥違反《選罷法》。對此，前總統馬英九也表示，相當訝異會說這句話，主管選舉的政務機關說此話，已有適不適任的問題了。

一邊一國行動黨表示，日前陳宗彥幫蔡英文總統站台時，曾表示政黨票投給小黨是浪費選票，並呼籲大家要集中選票；對此，邱一峰表示，陳宗彥身為辦理選務的人員，卻發表如此違法不當的言論，已經傷害他以及一邊一國行動黨參選的權益。

對此，前總統馬英九16日在新書發表會上提到不投小黨一事，表示他相當訝異（陳宗彥）會講這句話，在這個時代，主管選舉的政務機關說這句話，已經有適不適任的問題了。

新黨不分區立委候選人邱毅、陳麗玲、王炳忠則在16日上午至地檢署控告陳宗彥意圖使人不當選；邱毅更痛批，陳宗彥破壞民主價值，等同公然「賣台」、「辱台」。

針對陳宗彥風波，前總統陳水扁15日表示，民進黨從上到下都瞧不起小黨，心態囂張，讓人感到心寒，而陳宗彥公然違背政治中立，內政部乾脆提案修法把小黨都關門大吉，再學國民黨威權統治「黨禁」算了。（柯文哲再cue陳菊講明高雄舉債）