中央流行疫情指揮中心日前禁令一出引發社會議論及醫界部分反彈。民進黨立委高嘉瑜３日在立法院質詢，認為此舉沒有法源依據，行政院長蘇貞昌，強調高嘉瑜說錯了，蘇表示，《特別條例》中有明定指揮官得為防疫實施必要應變措施；指揮官陳時中強調，他對疫情負責並承擔。

高嘉瑜質詢陳時中也問到，如果醫事人員堅持要出國，有沒有罰則？陳時中則坦言回答：「沒有。」

高嘉瑜就頻頻質疑禁止醫事人員出國的法規來源，衛福部長陳時中指出此舉是依《醫療法》、《醫師法》以及剛通過的《紓困振興特別條例第七條》。但高嘉瑜認為，這些法律並沒有包含可以禁止醫事人員出國，只有說要遵從主管機關指揮，她認為，此舉可能引起比例原則問題，高也說，在民主法治國家，任何限制人民的行為都必須有法源依據，尤其行政機關更不能違法。

蘇貞昌回應說，沒有法源依據的說法是錯的，立法院剛通過的紓困特別條例第7條就明定「指揮官為防治疫情需要得實施必要之應變措施」，且醫事人員若前往疫情國家，回國需居家檢疫14天，會讓防疫能量大減，此外，醫事人員受限所受的損失、增加的支出，政府都會有所補貼。

陳時中也表示，他上週就對疫情做出正確判斷，這禮拜以來，包括日本、韓國、伊朗、義大利都陸續傳出疫情，當初若沒管理，醫護出國多，染病也會多，若如此對醫護的人力會造成很大傷害，作為疫情指揮官他不樂見這樣。

高嘉瑜也再度質疑衛福部無法提出明確的法源依據，陳時中則表示，這就是為什麼要有疫情指揮中心、指揮官，「這是我必須承擔的，我對疫情負責、身為政務官要承擔」；而針對補償醫事人員的經費，陳時中也說明，這筆預算約1.1億元。（大馬砂勞越州解除對台入境禁令）