敦睦艦隊群聚感染事件蔓延全台，磐石艦上27人確診引發國人恐慌，而海軍的說法前後不一惹議，也讓國防部成為眾矢之的。而關於這次的遠航被民進黨立委王定宇說是執行機密任務，國防部長嚴德發在21日晚間臨時舉行的記者會表示，敦睦艦隊這次的遠航主要是理論和實務結合的訓練，在東部外海監控中國航艦是守護海疆必需要的應對。

立委王定宇爆料，中國遼寧號航空母艦編隊4月11日、4月12日正好在台灣東部外海，敦睦艦隊的岳飛號、康定號巡防艦，官兵沒離艦，因此受命出港進行監控。國防部長嚴德發在21日記者會回應，說明敦睦艦隊從帛琉回來後，位置正好在南部的海面，4月12日，中國的遼寧號航空母艦從東部外海經過巴士海峽往西南方向走，艦隊必須要即時應對，因此就派了兩艘巡防艦進行監控，負責守護我國海疆，也剛好讓學生體驗理論和實際戰術的結合。

而對於此次遠航最終是誰拍板定案？嚴德發指出敦睦艦隊的出航是自己做的決定，也曾向蔡英文總統報告，總統基於尊重，以予同意，但防疫應該做好更嚴密的準備，卻造成疏失，為此已向蔡英文總統自請處分，也表示後續會全力配合中央流行疫情指揮中心的疫調。

另外，由於船上確診者的症狀，出現味覺、嗅覺喪失非常明顯的可以判別，為何當時沒有被發現，對此國防部回應：「在4月3日疾管署列入將味覺、嗅覺喪失通報，我們也有收到，但4月9日艦隊上才接到通知，這我們也有列入報告跟檢討。」（防長嚴德發與海軍司令自請處分）