國安局私菸案歷經1年調查，除起訴相關人員外，監察院也於23日通過糾正外交部、交通部、財政部關務署，對於事件核心的總統府、國安局未被糾正、特勤中心人員未被彈劾，國民黨立委痛批監委「自我閹割」，監察院「當然可以糾正總統府」，表示監委此舉無疑自我限縮職權。

此案監委表示，監察院只能對行政機關實行糾正權，無法對總統府、國安局進行糾正，但已籲請總統府及請國安局確實檢討改進。國民黨則回應，根據現行五權分立制度，監察院對中央及地方公務人員，包括總統府、國安局等，「當然可以調查與糾正」，且過去也有監委彈劾總統府、國安局官員的前例，如今卻自我限縮職權，無疑將監察院變成「紙糊機關」。

針對監察院糾正職權，監察院網站說明，依《監察法》第24條規定，監察院於調查「行政院及其所屬各機關」之工作及設施後，可提出糾正案。監察院無法對總統府、國安局等非行政院所屬機關進行糾正，僅能對其公務人員進行彈劾。

對於監察院決議不彈劾特勤中心人員，查案監委高涌誠表示，是因為已經對相關人員記過，有對應懲處，「再彈劾意義不大」。對此，國民黨直言荒謬，質疑難道懲處後就不用彈劾，全交行政處理即可，如此監察院意義不再。

國民黨立委林奕華也表示，此案未約詢究責當時總統府秘書長陳菊為一大謬誤。針對陳菊是否有責任，高涌誠也表示，雖然總統府秘書長負責綜理總統府事務，但秘書長確實無法管到所有特勤人員。

外界質疑通過糾正案時機，是否為趕在在準監察院長陳菊上任前完成。對此，高涌誠回應，「沒有這種考量」，本來就希望在這屆處理當屆監委的案子，何況監察院長無法管到個案。

國民黨認為，私菸糾正案內容「只打蒼蠅、不打老虎」，引發社會質疑輕放總統府、國安局，也印證在野對下屆監委名單為「最爛、最綠、最酬庸」的論點，將導致外界對監察權失去期待，批民進黨將「不受節制獨裁」。（陳其邁：李眉蓁抄襲指導教授需負責）