非洲東部和中部因自然水資源耗盡導致災難性乾旱，天氣更熱、也更乾，使得候鳥喪失牠們的水資源和養育下一代的條件。氣候型態改變威脅許多候鳥的生存，牠們被迫改變遷移的型態，有的選擇留在較涼爽的北方區域。候鳥變留鳥，另也有不是候鳥的鳥類為了尋找食物，被迫旅行。

國際鳥盟（BirdLife International）分析指出，非洲2000多種鳥類約10%面臨威脅，包括數十種候鳥，而有28種鳥類面臨瀕危，被列為極危（Critically Endangered）物種，如馬達加斯加魚鷹、泰塔隼和冠兀鷲。

鳥盟政策協調員模瓦堤（Ken Mwathe）說，「鳥類和其他物種一樣受到氣候變遷影響，候鳥受到的影響大過其他鳥類，因為他們必須維持移動」，遷移途中如有一個停留點情況變糟，便影響他們的飛行旅途。

氣候型態改變損害天然水資源，使得候鳥的遷移飛行更為困難。（美聯社）

聯合國環境署及保育團體濕地國際（Wetlands International）的研究顯示，候鳥在冬天往南，歐亞大陸到非洲的飛行路線飛經地中海和撒哈拉沙漠，途中會停靠約2萬6000個點，估計87%在非洲大陸的地點因氣候變遷面臨風險，比例大過歐洲和亞洲。

世界氣象組織退休專家穆柯韋（Evans Mukolwe）說，面對氣候變遷，非洲的應變力低。因「貧窮、生物多樣性降低、極端氣候、缺乏資金和缺新科技運用」，使得非洲更難去保護棲地。
 

高溫和降雨減少使得重要的溼地面積縮水、水資源減縮，這是候鳥遷移旅途所依賴的資源。穆柯韋說，以查德湖為例，鳥類在飛越撒哈拉時在此停留，接著再繼續前往北半球或南半球。無奈查德湖已經好幾年縮減，支援鳥類的能力也大減。

乾旱讓候鳥的旅行變得艱難，也影響他們的繁殖。肯亞自然（Nature Kenya）執行長馬提古（Paul Matiku）以紅鶴為例，紅鶴通常在坦尚尼亞納特龍湖（Lake Natron）進行繁殖，如果遷移旅途太困難而未能成行，便進而牠們繁殖下一代。這些溼地如果沒有水，紅鶴就算來了也沒用，牠們需要水做泥巢，得以讓生下來的蛋隔絕地面的持續高溫。

其他不是候鳥的鳥類也努力適應氣候變遷的生存環境，普遍生存在撒哈拉以南地區的非洲魚鷹現在為了尋找食物被迫遷移。而南非棕岩鶇和白翅絲雀數量也都大量減少。