伊朗首度從本土對以色列發動攻擊，突顯兩國不共戴天的敵對關係，但事實上，伊朗與以色列曾是非常緊密的盟友，雙方友誼甚至在1979年伊朗革命之後都未完全斷絕，卻因為巴勒斯坦問題及伊朗到處扶植勢力而日益對立，甚至反目成仇。

法新社報導，1948年以色列建國後，由巴勒維王朝統治的伊朗王國，是繼土耳其之後，第2個承認以色列的穆斯林國家，在受到阿拉伯各國強敵環伺下的以色列，40%的石油來自伊朗，以色列則以提供武器、技術、農產品，訓練祕密警察「薩瓦克」（SAVAK）等作為回報。

當時的伊朗國王巴勒維（Mohammad Reza Pahlavi）力挺以色列，是希望藉由美國支持的以色列進入中東，制衡阿拉伯國家，並引入以色列的技術，而當時伊朗是除以色列外，世界上最大的猶太裔社群所在國；儘管伊朗革命後，大批猶太裔社群離開伊朗，至今仍有超過2萬名猶太人住在伊朗。

1979年伊朗革命，何梅尼（Ruhollah Khomeini）成為最高領袖，逆轉原先親西方、世俗化的伊朗王國，取而代之的是由伊斯蘭教教義主導，且希望擴大中東地區話語權的伊朗伊斯蘭共和國，何梅尼認為以色列是非法占領耶路撒冷及巴勒斯坦土地，決定廢除前王國與以色列簽訂的所有協議，結束兩國友好關係。

伊朗與以色列的關係並非立刻變成敵對，1980年至1988年兩伊戰爭期間，以色列仍軍援伊朗1500枚飛彈，幫助何梅尼對抗伊拉克強人海珊（Saddam Hussein）；但從1980年，伊朗也開始支持被多國列為恐怖組織的「巴勒斯坦伊斯蘭聖戰組織」（Palestinian Islamic Jihad）對抗以色列。

1982年，以色列以掃蕩巴勒斯坦組織為由，往北進攻黎巴嫩，引爆第五次以阿戰爭，以軍一度占領首都貝魯特（Beirut），伊朗革命衛隊隨後支持激進武裝組織「真主黨」（Hezbollah），該組織至今仍盤踞在黎巴嫩南部，不時騷擾以色列。

以色列指控真主黨在國外發動攻擊，包括1992年以色列駐阿根廷大使館爆炸案造成29人死亡，1994年猶太社區中心攻擊事件造成85死。2005年伊朗強硬派總統艾哈邁迪內賈德（Mahmoud Ahmadinejad）曾揚言，要讓以色列從地圖上消失，甚至聲稱猶太人曾遭納粹德國大屠殺是「神話」。

雖然在伊朗境內，仍存在與以色列恢復友好的聲音，但何梅尼1989年去世後，繼任的最高領袖哈米尼（Ali Khamenei）依然維持對以色列強硬的態度，讓兩國敵對關係至今難解。