國民黨立委林奕華5日在記者會爆料，食藥署造冊人數高達1356人，是署內人數的2倍，施打率高達169%，質疑是「特權打疫苗」；食藥署副署長林金富表示，因醫療器材進口、疫苗檢驗封緘等事宜，除了編制內，也動用許多編制外人員，相關人員都有接種的必要性，造冊接種率為61%，否認特權打疫苗。

林奕華表示，疫苗接種第2類順位是維持防疫量能之中央及地方的防疫人員，但中央一直未提供相關資料，衛福部掌管疫苗分配，因此她去了解施打情況，卻發現部分單位施打量是造冊人數的2倍，質疑又出現特權打疫苗事件。

林奕華指出，疾管署有850人，疫苗造冊是1261人，由於疾管署有許多第一線人員，經過說明也許可以讓大家接受；但食藥署編制僅646人，疫苗造冊高達1356人，整整多了710人，已接種人數是1089人，接種率169％，質疑「為何疫苗造冊人數跟編制內人員有這麼大的差別？編制內的人員是否每個都打，也是很大的問號。」

林金富回應，因為醫療器材進口、疫苗檢驗封緘，以及邊境相關物資的查驗等防疫事宜，都是食藥署的業務，因此絕對是防疫重點機關之一，目前編制內人員685人、編制外人員1109人，其中，編制外人員包含臨時人力、研發替代役、駐點人員都是投入防疫業務的人員。

林金富指出，現行編制內外人員1794人，經詢問相關人員接種疫苗意願，一共有1356人願意打疫苗，提報指揮中心列為第2類造冊者，因部分人員因意願或過敏問題不適合接種，至今實際接種人數有1089人，實際接種僅占約61%，並無接種率高達169%的情況。

林金富表示，食藥署在5月22日、25日及28日陸續接獲同仁確診，至5月底已累積有3人確診，為避免疫情擴散、人力中斷，執行防疫物資檢驗、疫苗檢驗、邊境查驗等各項防疫業務受阻，影響防疫業務正常運作，因此有疫苗施打的必要性及急迫性。

指揮中心也表示，疾管署為新冠肺炎防疫主責機關，負責疫情監控、邊境檢疫、社區防疫、感染管制及病毒檢驗事項等相關業務，疾管署造冊1261人，其對象除了850名編制內人員（正式職員、聘僱人員、工級人員）外，尚有研發替代役、臨時人員、駐點及承攬人員等411人，該等人員負責協助支援各項業務推動，包含協勤保全人員、資訊委外駐點等，協助邊境檢疫作業及檢疫、隔離與預防接種等系統管理維運，均擔負重要職責，亦屬指揮中心公布之第1類「維持醫療量能–醫事人員」及第2類「維持防疫量能-中央及地方政府防疫人員」。