由於日前中國清華大學海峽研究院於台灣清華大學設新竹辦公室，被認定違反《兩岸人民關係條例》，引發喧然大波，教育部長潘文忠更表示，將全面盤點各大專院校的兩岸交流情形。對此，台大校長管中閔15日表示，學術交流、互訪及合作屬於學術自由，政治力不應介入。

中國清華大學海峽研究院日前設立新竹辦公室，遭認定違反《兩岸人民關係條例》，教育部日前更發函提醒各大專院校，兩岸教育性質的交流活動，需符合兩岸條例等相關規定。

管中閔於台大校慶會後受訪表示，「學術交流合作，是讓自己更進步的方式，這是全世界公認的學術自由準則，也希望政治力量不要隨意涉入、破壞，更不要因為個人的某些想法，鼓動政治力量干涉，教育部可請大學自己清查兩岸學術交流狀況，但不是教育部來徹查。」

此外，管中閔表示，對於台大籌辦2028的百年校慶，目前台大以創立「創校100年校慶籌備委員會」，將規劃大型國際會議及論壇，百年校史的文字影像回顧，及新的指標建築等，也於去年推出「未來大學白皮書」；管中閔表示，希望未來大學透過由下而上的討論，確立未來台大是以「學習者為中心的開放式大學」這個理念。