科技部打造新的海研船，於是在2017年11月舉辦「新建研究船名稱徵選活動」，期望賦予船隻新名。總計收到155份申請書，科技部還邀請10位審查委員組成評審委員會，共36案進入複審會議，複審結果推薦3案進入決審，最後通過採用「新海研一號」、「新海研二號」及「新海研三號」，僅多一「新」字。

國內現有研究船為海研1號、海研2號與海研3號分別在1983年開始陸續替台灣海洋探測與教學研究服務。因為3艘研究船已趨於老舊，科技部規劃建造3艘新研究船，還特別策劃了「科技部新建研究船名稱徵選活動」，獲選新船名者能獲得5萬元獎金。

經過將近三個月漫長的時間，由10位各領域專家學者，從155件投稿作品中，經過初審、複審，結果已出爐。3艘新研究船將命名為「新海研一號」「新海研二號」「新海研三號」。但因僅在名字上添了一「新」字，引發網友熱議。

據媒體報導，科技部說明，採用此名稱是與新船建造案「海研一二三號汰舊換新」精神名實相符，並與舊研究船船名類似，有傳承意義。科技部自然司司長吳俊傑也對此表示，舉辦名稱徵選活動目的是讓民眾可自由發想名稱，最終的結果加上「新」是非常特別的創意，也是很理想的選擇。