2016年颱風期間，因颱風藉機囤積商品、哄抬物價，前行政院長林全當時要求相關單位抓菜蟲，台北地檢署2度傳喚北農前總經理韓國瑜後，認為韓國瑜未涉不法，全案予以簽結。

至於另案韓國瑜被控未經北農董事會同意，擅自核發端午、中秋節獎金近八千萬元，涉違反《公司法》及《刑法》背信等罪，全案目前由檢方偵辦中。

前年颱風，蔬果價格始終居高不下，被質疑可能有「菜蟲」囤積貨物、哄抬價格。當時也因為菜蟲問題，立委段宜康與北農總經理韓國瑜隔空互嗆、甚至對賭吞曲棍球。

立委段宜康前年在臉書發言，以「抓菜蟲一定得先抓台北農產運銷公司」指控，指稱韓國瑜接任北農總經理後，只要逢年過節，就向從事水果買賣的董事採購水果禮盒，用來送給員工和公關饋贈。

民進黨議員梁文傑也在臉書指出，北農怠工是韓國瑜自導自演，韓國瑜反擊回應，20年前曾跟民進黨多位大老，如盧秀一、黃信介、陳定南以及蘇貞昌等人交手，當年即便政治立場不同，也都互相尊重。他對梁段兩人的行為相當不以為意，表示「什麼咖啊」，更痛批民進黨文攻武鬥搶總經理位置７個月，是赤裸裸的鬥爭。

北農當初聲稱，蔬菜從農民團體共同運銷至台北販售，不可能被半路搶買囤積，拍賣過程也都公開透明，並指價格高漲是因為風災造成，否認有菜蟲哄抬價格。

但有民代質疑，菜商在現場標到菜，加價後再直接轉賣，這個環節都是人工操作，沒有留下紀錄，導致菜價飆高，引發民怨沸騰，因此當台北地檢署分案偵辦後，立即到市場訪查並到北農調取資料進行分析，以了解是否有人為哄抬物價。