馮明珠9月7日在中國大陸受聘為北京故宮研究院顧問，先前馮明珠受聘的消息傳出，民主進步黨立委莊瑞雄批評，國立故宮博物院前院長馮明珠剛卸任沒多久，就跑到同性質非常高的地方當官，「好像是已經在實踐兩岸一家親」遭抨擊質疑適切性。馮明珠4日表示，她已在昨天以雙掛號信函向北京故宮研究院長鄭欣淼辭去顧問一職。故宮說，尊重馮明珠決定。

至於馮明珠提到，決定辭職的其中一個原因則是現任院長林正儀已表明她擔任北京故宮顧問「不適合」，她認為既然造成現在長官的困擾，那麼她也決定辭職了，不要造成各方面的困擾。

馮明珠4日表示，她在文化界服務長達38年，樂意與世界各博物館分享工作經驗，貢獻所學；且北京故宮研究院為單純的學術交流平台，非建制機構，顧問一職非擔任行政職務，無固定工作項目，無固定酬金，僅為需要時以備諮詢，未載聘期，屬名譽職銜，所有顧問都如此。

據《中央社》報導，馮明珠表示，她也未約定受領任何報酬，她認為，受聘顧問自認並無不妥，因而決定受聘。

馮明珠說，根據兩岸關係相關條例，台灣地區人民可以在大陸地區的法人、團體或其他機構任職，但禁止擔任陸委會公告「大陸地區黨務、軍事、行政或具政治性機構的職務或為其成員」，這些禁止任職的機構並不包括北京故宮研究院。

有關外界質疑她縮短管制赴陸公文，馮明珠澄清，依據「兩岸條例」，原服務機關得依涉密及業務性質增減列管期間（1年或3個月均同），並依內政部發布的「台灣地區公務員及特定身分人員進入大陸地區許可辦法」相關規定，故宮人事室先簽文將政務人員赴大陸列管期改為1年。

之後馮明珠又獲悉其他不涉國家機密的部會列管期間為3個月，於是故宮人事室在「台博人字第1050005540號」發文中簽註「考量本院業務性質及與行政院所屬各部會管制時間取得平衡，爰修正管制截止日期。（由退職後1年，縮短為3個月）」，依公文程序經故宮法制人員、主任秘書、政務副院長簽核，本人決行「發」，該文亦獲主管單位同意備查。

馮明珠強調，管制年限由3年改為3個月，是因為博物館事務並未涉及國家機密，並且經主事單位核定查照，並非她所能主導；況且管制年限3個月的政府單位，並非只有故宮。

馮明珠這次是應北京故宮博物院長單霽翔邀請，在9月6日至9月12日訪問北京故宮，以「從傳統中創新‧藝術與生活結合：談博物館的文化創意」及「歷史詮釋與策展：導覽清仁宗特展」為題作學術演講，並與北京博物館界人員交流。

馮明珠表示，來回機票及9月6日前之私人行程費用自理，應邀訪問北京故宮期間，依國際學術交流慣例，由邀請單位負責接待。

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