為解決醫師過勞的問題，勞動部11月30日宣布2019年起，住院醫師正式納入《勞動基準法》，然而台北市醫師職業工會1日抨擊，全台僅4000名私立醫院住院醫師受惠，還不到總數的1成，指蔡英文總統上任前的政見形同「跳票」。

台北市醫師職業工會1日舉行「過半醫師仍血汗」記者會，會中指出，該法排除主治醫師、且3成7的住院醫師為公立醫院約聘身分，同「公務員」不納入《勞動基準法》保障範圍，包含台大醫院、各大榮民總醫院在內，高達37.2％的住院醫師無法受到保障。

台北市醫師職業工會遂呼籲，蔡英文應在2020年以前兌現選前承諾，將全體醫師納入保障；醫療改革基金會發言人朱顯光也表示，現住院醫師多在醫學中心、規模大的區域醫院，中小型醫院則靠主治醫師值班，若主治醫師過勞，恐無法提升民眾對小醫院的信賴。

台北市醫師職業工會也指出，這次只是「慘勝」，除了主治醫師過勞問題，調動規則、離職違約金、退休金，也存在迫切需要，呼籲政府提出緩衝方案，雖肯定政府的善意回應，但對工會來說仍是一張「及格邊緣、滿紙紅字的成績單」。

針對上述質疑，衛福部1日回應，2018年8月實施的「住院醫師勞動權益及工作時間指引」，應可保障所有住院醫師工時等勞權。

福部醫事司石崇良解釋，針對尚未納勞基法的醫師，其職災、退休制度等福利將已醫療法保障，目前已在研擬不低於勞基法保障的草案，預計明年上半年將草案送至行政院及立院審議。

石崇良並表示，主治醫師無法納入《勞動基準法》的原因有諸多原因，包括「衝擊責任制傳統醫病關係」、「主治醫師工作樣態差異性大」、「納入後偏鄉醫療服務受限」等。

另針對住院醫師受公立醫院「約聘」、無法受勞基法保障一事，石崇良強調，「住院醫師勞動權益及工作時間指引」應該要能限制工時，更是醫院評鑑標準，「若評鑑結果不佳，隔年則不可新聘住院醫師。」（賴揆開政策檢討會）