面對武漢肺炎疫情擴大，中國外交部發言人耿爽22日指出，「沒有人比中國中央政府更關心台灣同胞的健康」，對於台灣參與世界衛生大會（WHA）等議題，須在一個中國原則下，台北市長柯文哲則是認為，與人為善，健康還是普世價值，用政治理由去封鎖人家，封鎖WHO、WHA這件事情，是不會讓台灣人高興。

中國外交部22日例行記者會上，發言人耿爽被媒體提問，指出有關台灣確診第一起武漢肺炎病例時，他表示「沒有人比中央政府更關心臺灣同胞的健康。」但柯文哲23日受訪時表示，「既然這樣，趕快讓台灣進入WHO就好了啊」。

柯文哲說，捷克政府當然不願意去跟中國交往，廢話這一定的嘛，但是你說，你不聽我的話，我就封鎖你的樂團到中國去演出，最後出現一個笑話，他們有一個樂團叫布拉格樂團，他看到布拉格就把它封鎖，因他創辦人叫布拉格，並不是因為他來自布拉格市，在捷克那些人在講話，就把它當成笑話。

柯文哲認為，健康還是普世價值，若用政治理由去封鎖人家，封鎖WHO、WHA這件事情，不會讓台灣人高興。面對中國強硬態度，柯文哲質疑對方，為何中國所推出惠台措施沒有用，很明顯嘛，台灣就是往美國靠過去，所以一定是方法上有問題，跟你們講了，你們又不服氣，就繼續僵持下去。

此外，柯文哲也指出，新興傳染病定會出現，當它出現時，就要迅速反應，把它封鎖在一個地方，別讓它擴散。

對比兩岸防疫，柯文哲提出對中國看法，他認為，雖然你們常對健保有批評，但從日治時代到現在，台灣醫療體系在全世界排名還是很前面，當醫師都蠻清楚，我們公共防衛體系期時做的很不錯，即使是上次SARS，相對其他國家，台灣防治表現還是很好的。

柯文哲自己對台灣的醫療體系是有信心的。並提出，中國的問題是常常極權國家報喜不報憂，所以很容易延誤疫情，這是最大的問題。

此外，外交部面對中國強硬應發言，也表示，中國外交部在武漢肺炎疫情急遽升高且持續向外擴散下，不但未與我方據實分享疫情情資，竟以「中央政府」自居，進行政治操作，企圖混淆國際視聽、貶損我國國家主權及地位。中華民國台灣外交部對中國類此惡劣行徑深表遺憾，並予以譴責。