交通部民31日表示，因遠東航空公司（遠航）未依《民航法》規定申請停止營運，於2019年12月27日依法報請交通部廢止其民用航空運輸業許可，交通部在31日同意，並已會同相關部會妥適規畫消費者與員工權益保障事宜，並承諾會全力將相關衝擊影響降至最低。而廢止運輸業許可後，原屬遠航的國際與兩岸航線航權也一併廢止，未來將另行分配。

勞動部方面也表示，立即啟動專案就業輔導、協助離職資遣員工請領失業給付、依法啟動墊償機制及限制實際負責人出境等措施，以確保遠航員工權益。

遠航因財務問題，董事長張綱維於2019年12月12日向交通部民航局提出自13日起停飛，由於遠航並未依照民用《航空法》第48條第3項規定，於民航局核准後60天始得停業，因此依《民航法》第112條第4項規定，遠航須報請交通部廢止其民用航空運輸業許可。交通部於31日同意，並依法裁處300萬元。 

航線方面，交通部表示，遠航原飛航6條國內航線，包括松山、台中及高雄至澎湖、金門等離島地區，運能占比約30%，自2019年12月13日無預警停航後，民航局協調其他航空公司調度運能因應，尤其針對春節疏運，經協調華信、立榮航空放大機型及增開4波加班機疏運旅客，同時在國防部協助派遣軍機支援，以及協調海運增班下，整體疏運情形「尚稱順暢」。 

而針對消費者權益，交通部指出，遠航停航前，民航局已要求遠航建立旅客預付票款保障機制，設立信託專戶，並與律師簽訂金錢信託契約。停航後，民航局立即要求其委託律師依信託契約處理信託財產相關事宜，遠航則自停航當日起，透過官網、客服中心、場站櫃台等管道受理旅客退票登記，並同步審核退票資料，後續其委託律師將公布退票相關作業程序，預計於2月初公告。 

至於員工保障，行政院已請勞動部就員工權益保障相關事宜妥適處理，後續倘有員工需要民航局協助轉介至其他航空業的需求，交通部也會請民航局全力配合。

勞動部政務次長林明裕表示，勞動部將由2方面著手協助遠航900多名員工，一個是提供「專案就業媒合協助」。林明裕指出，勞動部結合交通部，已聯繫華航、長榮2家國籍航空和桃園航勤公司，其願意開出職缺，遠航員工可參與甄選。

另一方面，林明裕呼籲遠航應盡速依法給付積欠員工的薪資，且須依《大量解僱勞工保護法》規定，在60天前提報大量解僱計畫書，進行勞資協商；倘若後續認定遠航歇業，遠航仍積欠員工薪資，將啟動墊償基金入場。

此外，遠航負責人張綱維去年12月涉違反《民用航空法》遭限制出境、出海及限制住居，勞動部同樣也啟動對張綱維限制出境的審查機制，已函請北市勞動局盡速提供解僱名冊及公司積欠員工債權金額等具體事證，對張綱維辦理限制出境。​

交通部表示，遠航停航後，負責人相關承諾一再跳票，始終未能兌現，除了資金未如期到位以外，也未能如期於6日發出2019年12月分員工薪資。交通部廢止遠航許可後，若有投資人願意投資遠航重新經營民用航空運輸業，可依照《民航法》相關規定提出籌設申請，民航局將依法進行5階段審查，以確保飛航安全及公共利益。 

交通部強調，現階段將會同有關部會全力做好消費者及員工權益保障相關事宜，同時呼籲遠航負責人張綱維確實負起照顧員工及消費者權益保障責任，否則將面臨司法單位依《民航法》第110條之3處以3年以下之刑責。（保力達聲請釋憲敗訴）