近期滯留武漢台人如何返台一事，因行政院長蘇貞昌和指揮中心指揮官陳時中兩人不同調，引來台灣民眾黨25日在臉書建議，讓蘇貞昌親自擔任指揮官，此舉引起外界不滿；當日民眾黨主席柯文哲出面解釋，與中央齊心防疫；27日民眾黨發言人楊寶楨表示，「黨團對事不對人，主席是善意提醒，並非打臉。」

台灣民眾黨25日在臉書發文指，「當指揮官，與指揮官的長官意見相左時，我們到底應該聽誰的？」並建議蘇貞昌親自擔任指揮官，更能綜觀全局，有效進行跨部會協調，將行政資源與效率發揮到最大。

民眾黨表示，最重要的，是讓操勞多日的陳部長能喘口氣，將注意力全放在防疫措施上，以專業建構台灣的防疫城牆，此舉引起外界不滿引發討論。對此，民眾黨主席柯文哲當日出席雙北合作交流平台會議時表態，當下有詢問黨團「一道菜不好吃，你就要把整個廚房換掉嗎？」並強調，與中央齊心防疫。

27日台灣民眾黨發言人楊寶楨對此回應，「先前的主張裡面，完全沒有要撤換陳時中的意思」，主要針對整個體系與法制面進行監督，對事不對人；對於黨團和柯文哲說詞不一致，楊寶楨表示，跟柯文哲溝通順暢，柯是善意提醒，不是打臉。（臉書出現李登輝假訃聞）