台大教授劉靜怡依政府資訊公開法規定，向台大醫院申請提供現任台北市長柯文哲等人，於1988年到2013年間任職醫師期間，所進行無心跳者器捐摘取等資料遭拒。經提起行政訴訟7年後，最高行政法院認為，台大醫院應提供公開資訊不應拒絕，判台大醫院敗訴，全案確定。

針對此案，柯文哲今天表示，只是自己是寫SOP的人，「執行的都不是我」，而且可以去看手術紀錄，都沒有柯文哲的名字。

《屠殺》一書作者伊森‧葛特曼2018年間曾在台灣召開國際記者會，並指控台北市長柯文哲疑涉器官移植，掀起風波。氣得柯文哲喊告，之後，柯文哲遭人告發，監察院立案調查。

根據《自由時報》報導指出，台大教授劉靜怡曾主張柯文哲等醫師，在2008年4月在《澄清醫護管理雜誌》發表「無心跳者器官捐贈的法律倫理問題」一文記載，自1998年2月到2005年4月共執行26例無心跳器捐，共摘取52個腎臟和1個肝臟供移植，衛福部委託報告和及台大醫院電子報都有相關記載，於是，向台大醫院申請提供柯文哲、陳益祥等任職時，所進行無心跳者器官捐贈摘取次數，及各次日期等資料，但後來台大醫院以無相關資料等理由拒絕。劉靜怡於是提起行政訴訟。

一審時，台北行政法院判劉靜怡敗訴。該案到台北高等行政法院更二審審理時，當時法院認為，台大醫院為回應監察院調查曾清查1994年至2007年進行器捐者154人的病歷資料，包含使用體外膜氧合術（ECMO）進行無心跳捐贈者共15人，內容更包括劉靜怡所申請相關資料，劉靜怡申請資訊未涉及姓名、姓別、年齡及診斷等個資。

最後，法官判定，台大醫院有提供柯文哲等醫師自1994年到2007年間器官捐贈摘取次數、各次日期等資料的義務，不應拒絕，至於1988年到1993年、2008年到2013年等期間的器捐摘取相關資料，予駁回。

由於台大醫院不服再度提起上訴，最高行政法院支持更二審見解，認定判決於法有據，判台大醫院敗訴確定。