原由馬偕醫院董事會新任命的院長張文瀚，16日遭基督教長老教會否決此項人事案，長老教會總會認為，張文瀚因與頗具爭議的前任董事長劉伯恩共同設立公司，總會擔心馬偕日後遭不義之人操控，因此否決張文瀚院長的人事案，並要董事會慎重監督與審查。

現任馬偕紀念醫院院長施壽全任期至11月2日，馬偕醫療財團法人董事會9月20日召開第17屆第四次臨時董事會，經3輪投票，張文瀚醫師以8票過半獲選新任院長，不過，在16日基督教長老教會第63屆總委會召開第一次臨時會議時，將此項人事案打了回票。

據《台灣教會公報》報導，在第63屆長老總委會16 日在第一次臨時會中，先是有馬偕醫療財團法人調查小組召集人簡安祥進行報告，小組針對張文瀚從2017年10月6日媒體報導事件、設立三家公司、新竹市兒童醫院BOT案、宜蘭醫療機構合作案等爭議進行調查，根據馬偕調查小組報告，在調閱相關文件及詢答過程，並無發現張文瀚有明顯違背職務，或與董事會共謀不法的事證。

而張文瀚也依62屆總委會決議要求辦理解散三家公司，也已於2018年9月辦妥，至於辦理三家公司過程是否涉及違法，目前衛福部及檢調單位在處理中，馬偕調查小組尚無報告資料。

馬偕調查小組建議，擔任負有決策權責任務的職務者，應宣示並簽屬恪守承諾的切結文件，董事會治理權責與院長職務權責如有規範模稜不清狀況，應提出修正，包含與總會的相關法規內容。

而會議中也有總委質疑，總委會為何獨獨針對馬偕醫院新任院長召開臨時會處理任命案？長老教會總會議長薛伯讚回應表示，總會所屬機構董事長及機構負責人任命案都須經總委會接納，再送交總會通常議會追認，並無針對馬偕醫院，反而是為讓馬偕前後任院長交接順利，在馬偕董事會請求下，總委會才召開臨時會處理。

不過，在最終投票時，基督教長老教會總會總幹事林芳仲關鍵性的發言，仍引響了最終投票結果。林芳仲表示，久久以來，馬偕醫院漸漸陷落佇黑暗惡勢力的危機當中，結黨爭權奪力，使馬偕醫院內部產生多多的問題，已失去信仰的品德及道德的良知。

林芳仲說，長老教會認為馬偕醫院需要重新整頓，但是，這次選出的院長是不是適合帶領馬偕醫院，必須重新慎重嚴格監督與審查，免得受不義的人控制，來危害影響馬偕醫院的發展。

最終，馬偕醫院新任院長任命案投票，經在場出席總委34名，發票33票，贊成11票，反對21票，空白1票，投票結果此任命案未通過。（以核養綠公投可補件）