地方疫苗違規開打爭議頻傳，包括新北雙和醫院爆VIP接種、雲林縣長張麗善讓哥哥張榮味特權搶打，又爆台北市好心肝診所千名志工濫打。中央流行疫情指揮中心原本定調，地方若未照規定目標群施打，將祭出「減配」疫苗手段，不過指揮官陳時中10日改口，該作法不適合，「將直接針對違法事項嚴重法辦，不會減配。」

陳時中表示，原本規劃將減配疫苗做為處罰手段，但經過內部論，認為這方式不適合，「我們不會這樣做。」他強調，主要還是要針對地方違法事項，嚴正法辦，不會用減配做為處罰手段。至於好心肝診所疫苗之亂，有無涉及私相授受，會請北市府提出報告，若有不符規定之處，一定會嚴辦。

該批疫苗未即期　問題仍在地方政府

針對指揮中心9日晚上發新聞稿，強調中央沒有開放地方政府讓診所自行施打，嚴厲譴責北市府違反規定，上午遭台北市長柯文哲出示公文反擊，直指中央4月27日來文，內容有提到若疫苗無法消化，可經衛生局調配，分配給其他醫院或診所使用。

對此，陳時中再解釋，當時公文非常清楚，是針對第一批效期只到5月底的AZ疫苗，因當時未爆發社區感染，普遍施打意願不高，擔心合約醫院疫苗庫存量太多，可能會過期，才讓地方可在衛生局調配下靈活配置。不過，這次北市診所打的AZ疫苗效期到8月，並無可能過期的狀況，「我不願意太苛責這件事」，根本問題還是在地方政府，有沒有將疫苗用於第1到3類的施打對象。