台北市衛生局長黃世傑6月初因好心肝診所違規施打疫苗事件，向市長柯文哲請辭但未獲准，30日黃世傑未出席市議會，市議員苗博雅質疑為何黃世傑會在防疫期間缺席，台北市副衛生局長陳正誠表示，黃世傑自6月28日請假一個月，市府秘書長陳志銘補充說明表示，黃世傑是因廉委員會調查而請假。

柯文哲恩師、北市衛生局長黃世傑6月10日曾在市府記者會上表示，針對好心肝診所違規施打疫苗事件，「他個人應負最大責任，是他督導不周，他已向市長請辭。」台北市長柯文哲當時表示，案件進入調查程序，待調查出爐、真相釐清之後再進行懲處，並未准辭。

台北市議會今（30日）進行定期大會第十次會議，議員苗博雅於會中發現黃世傑缺席，質詢時表示目前仍是三級警戒期間，台北市的衛生局長卻請假，實在很難說服民眾，且柯文哲曾說防疫期間不要陣前換將，未准黃世傑口頭請辭，但現在北市防疫業務的最高首長不在會中，議員們卻不知道衛生局長要請假一個月，經質詢後才由陳正誠告知黃世傑將從6月28日請假到7月27日。

對此，台北市秘書長陳志銘表示，目前市府已指定代理人，調查期間避嫌一下比較好，議員林亮君質疑，局長受廉委會調查期間請假，是受哪條法律規範？法務局長袁秀慧表示，沒有相關法令規定。目前台北市議長陳錦祥對於黃世傑請假，要求市府會後將書面說明送交議會。