前總統馬英九因「三中案」遭北檢重罪起訴，引發關注。值得一提的是，由於檢方在公開版的起訴書新聞節本中提及，前中投董事長張哲琛、前中投總經理汪海清等人於偵查中均稱，當初他們與中時集團余建新到馬英九台北市長辦公室會面時，時任台北市副市長金溥聰也在場，不禁令外界好奇，究竟深受馬倚重的金溥聰，在三中案中所扮演的角色為何？儘管馬英九應訊時向檢方強調，「金溥聰對黨產完全沒有介入」，但根據《上報》掌握的北檢760頁完整版起訴書內容顯示，金在接任國民黨秘書長後，曾因中廣交易案履約爭議，而親自介入協調。

根據北檢起訴書內容披露，張哲琛、汪海清兩人去年到案說明時均向檢方供稱，94年8月他們曾到馬英九市長辦公室與余建新會面，當時金溥聰也在場。

不僅如此，根據檢方所查扣的錄音光碟及勘驗譯文顯示，汪海清於隔年2月4日在國民黨中央黨部，就華夏公司股權交易案與余建新談判瀕臨破局的內部危機處理會議結束後，眾人離場之際，汪海清與張哲琛兩人私下對談過程中，張哲琛提到：「（壓低聲音）⋯⋯就是說，他（指余建新）這樣搞的話，金溥聰他們最怕得罪媒體，英九也是怕得罪媒體。」

馬英九應訊稱：金溥聰對黨務及黨產完全沒有介入

只不過，面對檢察官詢問張哲琛與汪海清是否曾到台北市長辦公室與余建新見過面？馬英九與張、汪兩人說法卻是南轅北轍。馬在出庭應訊時向檢方表示，「應該是在黨部，我印象中沒有在市長辦公室跟余建新、張哲琛、汪海清見過面。」

因此，檢察官又追問，「可是為什麼汪海清說有在您台北市市長辦公室與余建新見過面，金溥聰也有在場？」馬英九則回稱：「這我完全沒有印象，金溥聰對黨務及黨產完全沒有介入」。

然而，根據北檢760頁完整起訴書內容及錄音光碟對話卻披露，趙少康在取得中廣公司經營權後，因擔心中廣交易案合約所約定的非廣播部門資產「掛名託管」機制，若由中投或中投公司指定之人以特定價格買回中廣非廣播部門資產，恐有涉及背信罪嫌之違法疑慮，遂透過馬英九，要求張哲琛、汪海清改以資產分割方式，使中投公司取回中廣公司非廣播部門資產。

之後， 中投公司與趙少康之間的履約爭議，一直無法獲得順利解決，NCC也駁回中廣公司非廣播部門資產分割減資的申請後。直到第二次政黨輪替、金溥聰接任國民黨秘書長後，金因而在99年4月14日親自介入協調，並非如馬所稱「金溥聰對黨產完全沒有介入」。

根據檢方查扣的錄音光碟及勘驗譯文內容，當時金溥聰在會中向趙少康等人表示：「大家要有共識，一定要想辦法把它解決哦，這個解決的方式，剛才講第一個是行政院的分割，如果分割可以解決，但是這條路希望不大，希望不大。」

趙少康於是接著問金：「我想問一下，府院的態度到底怎麼樣？或者是秘書長的態度，其實哦當時我⋯⋯」

對此，金溥聰則答稱：「以我對他（指馬英九）的了解哦，你要他去扛這個政治責任去很明確的說，這個NCC是不對喔，府院長，我是同理心來講，他還是他，不像我，我今天來這邊，別人都知道我是第一個⋯⋯​（錄音不清楚）來解決很多問題，對他來講，講到政治未來的時候，他會，這是同理心，他會他會有不同的思考，所以我是覺得要他在這件事跨出來，我不敢講，我初步的感覺可能性是不高的，他過去不碰這一塊，因為這一塊代價太大，我想大家了解一下，這是第一個。所以分割的可能性既然不高⋯⋯。」

檢方認為，從上述錄音對話內容，可以證明雖然馬英九於97年當選總統，取得執政權，但中廣公司廣播與非廣播部門之分割，牽動媒體事業敏感神經，且NCC性質為獨立委員會，尚無法以政治力干預NCC對於中廣公司分割所為准駁之決定，以致中投、光華公司對於依約應實質享有之非廣播部門資產面臨買回機制涉及背信罪嫌，分割機制又變數極大而無法取回之進退維谷困境，且該等龐大非廣播部門資產無法取回之風險，完全是由中投、光華公司單方面承擔。