針對國籍航空機師成防疫破口，指揮中心指揮官陳時中指出，目前機組人員三天、五天的居家檢疫規定，是為了讓飛航不會中斷，但發現機組員在機艙內及外站尚有加強管理的空間，將要求民航局及航空公司在一周內研議管理及處罰機制，若無法落實和監督不善，必然要處分航空公司，若基礎沒做好就要它把責任擔起來。

副指揮官陳宗彥指出，飛行機組員專案自3月19開始進行，從飛行開始在航空器艙內就要有一定的保護措施，包括前艙和後艙，進到外站的時候要有專車專線，進到旅館就不得外出，得依循這樣一整套措施做處理。

「但檢視案771、765的案件，航空公司在外站的管理上還要再做強化」陳宗彥表示，現階段是公司各自有內部懲處，最嚴重的違規案件就是開除。而採檢的部分，如果表示身體有症狀，就會在機場做採檢，不管在居家檢疫或自主健康管理期間，一有症狀都可以採檢，但要是都沒有症狀，現階段是沒有期滿後採檢的措施。

陳宗彥透露，從違規案件來看，過去在機組員在外站飯店有外出情形，這個是指揮中心認為應該要特別去強化管理的部分，目前也具體建議航空公司要跟外站的特約飯店建立管理方法。

陳時中進一步解釋，縮短機組員居家檢疫天數，是讓航空公司可以營運，所以航空公司必然要提出一個可以落實和監督的方式，若無法落實和監督不善，必然要處分航空公司，若基礎沒做好就要它把責任擔起來。

而處罰航空公司可否溯及既往？陳時中澄清，「我們現在沒有說要罰，是說未來要落實SOP」但民航局要把法規找出來，指揮中心法制組也會做相關研究，「基本上不會建議要溯及既往去處分。」（台裔女與夫共遊太魯閣後人間蒸發）