金門縣長楊鎮浯23日宣布所有抵達金門機場的民眾皆須實施實聯制，且要提供3日內採檢陰性報告，若無法提供，即需在金門機場快篩站接受快篩，該規定於24日生效。對此，衛福部深夜發布新聞稿，該「快篩令」已違反《傳染病防治法》第37條第3項，經指揮中心指揮官陳時中致電溝通無效，將依法撤銷金門縣府頒布的「快篩令」。

對此，指揮中心副指揮官陳宗彥也在24日全國防疫會議會後記者會回應此事，除了金門縣府提出建議，且另兩離島縣府也有相同建議。他說，指揮中心依全國防疫標準一致做法，並依《傳染病防治法》執行此事，也透過當面溝通，讓金門及另兩離島縣府了解，指揮中心會就離島的醫療量能、防疫標準綜合處理。

陳宗彥喊話3離島　「中央地方防疫須一致」

陳宗彥也提到，2020年疫情嚴峻時，離島三縣就曾提到，希望縣民從國外回來後，請指揮中心協助，先留在台灣本島，當時指揮中心除提供協助，桃園市府也提供防疫旅館；最後，他強調，防疫工作要各縣市一致配合、通力合作，指揮中心則會評估離島三縣的醫療量能，綜合研議，協助三個縣府做出一致性的防疫標準。

據了解，中央流行疫情指揮中心於17日就已發文至各地方政府，說明「指揮中心成立期間，若有需依《傳染病防治法》第37條第1項採行相關防疫措施，仍請地方政府遵循《傳染病防治法》第37條第3項，依指揮官指示辦理，以利整體防疫業務執行」，促請各地方政府應依上開規定辦理的意旨，對國內跨縣市移動採取人員進出的管制作為，或要求民眾強制普篩等，屬全國一致性的重要政策，以符合事權統一的立法目的。

另檢疫政策的決定，依《傳染病防治法》第5條第1項第1款，屬中央主管機關權責，地方政府應依中央主管機關的決策，並依此執行，而陳時中近日也公開宣示「中央決策、地方執行」，此乃權限分際的原則問題。

疫情嚴峻時刻，全國已一致提高至三級警戒，指揮官再三強調中央與地方的防疫原則應「標準一致、說法一致、腳步一致」，且現已建立每日全國疫情會議的機制，以避免各自為政，產生雜沓混亂影響整體防疫，為統一事權並維護法制，不得不撤銷金門縣政府的違法公告；強調「金門縣政府如仍有地方防疫的特殊需求，依法應先完備法律程序，正式提出計畫報請陳時中指示辦理」。