台北市衛生局長黃世傑因捲入好心肝診所特權打疫苗爭議，原要請辭局長一職，卻被市長柯文哲慰留，他為此請假一個月，讓眾多議員相當不滿；2日當天因為環南市場疫情大爆發，黃世傑緊急銷假，陪柯文哲到環南市場視察，後續也將出席議會質詢。

黃世傑日前捲入好心肝診所特權施打疫苗事件，當時他立刻向台北市長柯文哲口頭請辭，但柯文哲一再表示，要等疫情過後再處理，目前仍將把疫情先解決好；不過事發不到一周，黃世傑就告假離府。

6月30日台北市議會進行定期大會第10次會議，有議員發現黃世傑缺席，甚至還是經過質詢之後，北市衛生局副局長陳正誠才坦言，黃世傑將從6月28日請假到7月27日。

但由於2日上午環南市場疫情升溫，據了解，黃世傑2日已銷假上班，不僅會陪柯文哲到環南市場視察，下午的議會大會也會親自出席。

2日下午議會大會備詢時，黃世傑表示，請假是市府長官找他討論，認為他還在局長職位上，會有不良影響，建議他「用請假方式避嫌」；黃世傑也說，這是和副市長黃珊珊討論過後的結果，「相信黃珊珊有和市長柯文哲討論」，他是為了減少府方困擾才請假。

黃珊珊在2日下午的台北市防疫記者會也證實，市府內部行政調查禾馨診所事件期間，衛生局有同仁欲言又止，她才建議黃世傑在調查期間迴避，黃也不希望影響調查公正性，才會提出請假迴避。