連日的強震讓全台各地不少校舍也出現牆面龜裂、天花板倒塌等狀況。教育部統計，本次受災學校共417校、粗估災損金額約6301萬元，災損情況主要以南部和東部為主，其中以高雄93間最多，花蓮、台東次之。

教育部表示，截至昨天（19日）下午3點止，各地受震災學校合計417校，包括高雄市93校，花蓮縣46校，台東縣43校，新北市36校、台北市27校、台南市24校、屏東縣19校、台中市18校、嘉義縣18校、苗栗縣17校、桃園市15校、新竹縣14校、雲林縣13校、南投縣12校、彰化縣9校、宜蘭縣6校、新竹市5校、基隆市及澎湖縣各1校

根據「0918地震各級學校災損統計報告」顯示，初估災損金額計6301萬餘元，若以縣市損失金額區分，則是台東縣約1400萬元最高、高雄市約1054萬元次之，屏東縣約554萬737萬元元位居第三。

而全台各級學校災損前三名依次為台東縣國立關山工商，災損金額795萬元；宜蘭縣國立宜蘭高中，災損金額630萬元；嘉義縣南興國小，災損金額336萬元。

台東縣國立關山工商損失最多，因這次地震造成電腦設備損壞、校內建築物牆面嚴重龜裂、天花板倒塌等。再者是宜蘭縣國立宜蘭高中，活動中心天花板掉落、遮陽板破裂，連籃球場都出現地面龜裂狀況。嘉義縣南興國小排名第三，部分教室及辦公室建築物梁柱、牆壁出現裂痕，西邊圍牆龜裂。

教育部說明，上述為僅為粗估金額，隨著後續災後復原陳報，災損數量還可能再攀升。在災後復原時，學校可再依確切評估金額填報教育部校安系統，由各教育主管機關掌握確認，修正後彙整正確災損金額陳報行政院。

教育部也指出，為方便全國各級學校填報災損情形，教育部校安中心已開啟「天然災害災損及停課通報系統」，各校可以隨時進行通報。