台灣鯨豚族群調查計畫自2019年起，5年內在台灣附近海域，共目擊至少19種鯨豚，佔全球90多種鯨豚將近三分之一，目前統計5年目擊至少19種，為保育鯨豚，海洋保育署提出「鯨豚保育計畫」，分析台灣鯨豚受到的威脅，並提出法制規範及防範執行方法，希望能更有效保護鯨豚的生態環境，其中，將規劃保護區列為中程目標。

海保署於2019年開始調查台灣鯨豚族群，從花蓮、台東，延伸至宜蘭、基隆、新竹、苗栗、彰化、雲林、高雄、屏東等縣市海域，5年共目擊至少19種鯨豚、380群次，其中以瑞氏海豚最多，其次為長吻飛旋海豚。

鯨豚身為海洋生態系中的高階攝食者，是海域環境健康的重要指標，因此，為了保護鯨豚的生態環境，海保署提出「鯨豚保育計畫」，經歷多次研商修訂後，終於完成鯨豚保育計畫訂定及公告。

首先，計畫須先調查台灣海域鯨豚名錄，與國際保育分級及已知的資源分布情形，再來，分析台灣鯨豚受到獵捕與買賣、混獲與漁具纏繞、海洋污染與廢棄物、水下噪音、船隻撞擊等威脅，並提出法制規範及執行、監測研究、棲地維護及人為活動管理、教育宣導、民間企業及國際參與等5大保育工作面向，有效落實鯨豚保護。

另外，為配合「海洋保育法」草案，中程計畫將根據歷年族群調查及威脅熱點評估等，與縣市政府研商，劃設鯨豚重要棲息環境或保護區。至於長期計畫，則調查鯨豚活動熱區的鯨豚生態、賞鯨業者、漁船數量、淡旺季開船頻率等，並將產業對鯨豚行為的影響、干擾，納入評估該區域的環境承載量，更要評估離岸風力發電設置後，底棲環境改變對海洋生態的潛在影響。